フォーマットチェックをする場合は、本文ファイルホルダー（PublicDoc）と、監査報告書ホルダー（AuditDoc）を用意しなければなりません。
監査報告書ホルダーの（AuditDoc）中身が空ではチェックは出来ませんので必ず用意して始めてください。

フォーマットチェックにてチェックされる項目は、

HTML形式になっているか
フォルダの階層が正しいか
目次項目の階層付けが正しいか
リンクが正常化に張られているか
ファイルサイズ（メモリ）が規定内か
表の横幅は規定内に収められているか
ページに禁止文字は含まれていないか
間違ったファイル名が、付けられていないか

以上がチェックされます。

フォーマットチェックを開始すると、始めに自動生成される目次項目の階層にエラーがないかチェックされ、ここでエラーが発生すれば、内部までチェックが進みません。
目次項目を通過すれば、全体のチェックがされますので、ここでエラー項目が表示されなければ、無事完了です。

目次作成のエラーメッセージの主なもの
error[020]【】で記述される目次項目内にHTMLのタグが有ります　ファイル名:C:/edinet_doc/002001BW/publicDoc/040_016.htm（175行目）
error[020]同一階層で番号が欠けています　ファイル名:C:/edinet_doc/002001BW/publicDoc/040_016.htm（175行目）付加情報[(2)]

目次項目に表示されるが、番号がない【】で囲んだ部分はエラーメッセージではないが下記の様に表示される。
warning[020]目次項目に番号がありません　ファイル名:C:/edinet_doc/002001BW/publicDoc/040_016.htm（175行目）「付加情報」[注記事項]

「開示文書フォーマットチェックのログ開始」
file///C:\edinet_doc\002001BW\PuulicDoc\aoi\050_020.htmの横幅は基準値を13ピクセル超えています。
file///C:\edinet_doc\002001BW\PuulicDoc\aoi\050_020.htm（175行目）使用できない文字が含まれています。

近年、パソコンウイルス問題で、各パソコンにファイヤーオールソフトを使用しておりますが、ウイルスチェック機能が強過ぎる傾向にあり、レベルが強過ぎるとフォーマットチェック途中でエラーになることがあります。この場合はレベルを中以下に落すことで解消されます。